Atsız'ın babası Gümüşhane'nin Midi köyünün Çiftçioğulları ailesinden Deniz Güverte Binbaşısı Mehmet Nail Bey, annesi Trabzon'un Kadıoğulları ailesinden Deniz Yarbayı Osman Fevzi Bey'in kızı Fatma Zehra Hanım'dır.
Çiftçioğulları ailesinin tespit edilen soy atası 19. asrın başlarında yaşadığı tahmin edilen Ahmed Ağa'dır.[kaynak belirtilmeli] Ahmet Ağa'nın üçüncü çocuğu olan Hüseyin Ağa ise 1850-1852 sıralarında deniz eri olarak İstanbul'a gelmiş, okumayı ve yazmayı asker ocağında öğrenmiş, askerliğinin sonunda da teskere bırakarak Donanma-yı Hümayun'da kalmış ve makine önyüzbaşlığına Çarkçı Kolağalığı'na terfi etmiştir. Hüseyin Ağa'nın çocuğu Mehmet Nail Bey de Osmanlı Donanması'na girmiş ve Deniz Kuvvetlerinde Deniz Güverte Binbaşılığı'ndan emekli olmuştur.
Mehmet Nail Bey'in ilk eşi Fatma Zehra Hanım'dan üç çocuğu olmuştur. 12 Ocak 1905'te Hüseyin Nihal (Atsız), 1 Mayıs 1910'da Ahmet Nejdet (Sançar) ve Aralık 1912'de Fatma Nezihe (Çiftçioğlu) dünyaya gelmiştir.
1930 yılında ilk eşinin damar sertliğinden ölümü üzerine Mehmet Nail Bey, 1931 yılında yeniden evlenmiştir. İkinci eşinin adı da Fatma Zehra'dır. İkinci eşinden 1932 yılında Necla (Çiftçioğlu) adlı bir kızı olan Mehmet Nail Bey ikinci eşiyle geçinememiş ve iki yıl sonra ayrılmıştır.
Nejdet Sançar'ın ağabeyidir, Yağmur Atsız ve Buğra Atsız'ın babasıdır. Tarihçi, Türkolog Rıza Nur'un manevi evladıdır.
Atsız, 1975 yılının Kasım ayının ortalarında hasta olduğundan şüphelenmiş, ancak yapılan muayene ve testler sonucunda bir hastalık bulunamamıştır. 10 Aralık 1975 Çarşamba akşamı kalp krizi geçirmiş, gelen doktor infarkt olduğunu anlayamamıştır. Nihal Atsız, 11 Aralık 1975 Perşembe akşamı saat 20.00'de geçirdiği kalp krizi sonucu hayatını kaybetmiştir.
Kurban Bayramı'nın ilk günü olan 13 Aralık 1975 tarihinde Kadıköy Osmanağa Camii'nde kılınan ikindi namazını müteakip Karacaahmet Mezarlığı'na gömülmüştür.
Osmanağa Camii'nde cenaze namazı kılındıktan sonra İmam'ın ''Merhumu nasıl bilirdiniz?'' sorusuna Fethi Gemuhluoğlu yüksek sesle: ''Bu musalla taşı, Atsız kadar gerçek bir er kişiyi az görmüştür, hoca efendi!'' demiştir.
