Hablemitoğlu'nun 18 Aralık 2002'de evinin önünde uğradığı silahlı saldırıya ilişkin Cumhuriyet Savcısı Zafer Ergün'ün hazırladığı iddianamede, suikastın nasıl planlandığına ilişkin detaylar sıralandı. Buna göre, o dönem sözde "cemaat" olarak bilinen Fetullahçı Terör Örgütüne (FETÖ) ilişkin çalışmalarıyla dikkatleri üzerine çeken Hablemitoğlu, katıldığı televizyon programlarında örgütün özellikle kamu kurumlarına sızmaya çalıştığını vurguladı. Devletin bu yapıya karşı bir an önce önlem alması gerektiğini her seferinde dile getiren Hablemitoğlu'nun tespitleri, o dönem Ankara Devlet Güvenlik Mahkemesinde yargılanan elebaşı Fetullah Gülen'in dava dosyasına delil olarak da girdi. Bu gelişme karşısında rahatsız olan örgütün, sözde Türkiye imamı firari sanık Mustafa Özcan, Hablemitoğlu'nun önünü kesilmesi için eski istihbaratçı sanık Enver Altaylı ile irtibata geçti. Altaylı da Hablemitoğlu ile görüşmek için dönemin Sağlık Bakanı Halil Şıvgın'a ulaştı. Bunun üzerine Şıvgın, Özcan ve Altaylı'nın kendisiyle görüşmek istediğini Hablemitoğlu'na iletti. İddianamede ifadesine yer verilen Şıvgın, "Necip Hablemitoğlu'nun Fetullahçı yapılanmayı anlattığı kitapla ilgili görüşmek istiyorlardı. Hablemitoğlu'na, 'Seninle Mustafa Özcan ve Enver Altaylı görüşmek istiyor, bilgin olsun' dedim. Bunlarla görüşmek istemiyordu. Hatta Hablemitoğlu, Fetullahçı yapılanma FETÖ/PDY'yi kastederek 'Bunlar beni ölümle tehdit ediyorlar' demişti." bilgisini verdi. Hablemitoğlu, Şıvgın ile görüşmesinde, FETÖ ve Türkiye'deki Alman vakıflarına ilişkin çalışmaları için istihbarat biriminden destek aldığını, ilerleyen süreçte ise Milli İstihbarat Teşkilatı'na müsteşar olarak atanacağını söyledi. Halil Şıvgın, Hablemitoğlu ile bu görüşmesini Enver Altaylı ile paylaştı. İddianameye göre, Hablemitoğlu'nun MİT Müsteşarı olarak atanacağı söylentisi, Mustafa Özcan ve Enver Altaylı'yı telaşlandırdı. Böyle bir atama, FETÖ'nün Türkiye'deki faaliyetlerini deşifre olmasını sağlayacaktı. Buna engel olmak isteyen örgüt, Hablemitoğlu'nu öldürmesi için MİT Müsteşarı olmak isteyen bir diğer isim eski MAK Alay Komutanı Albay Levent Göktaş ile sanık Aydın Köstem üzerinden irtibata geçti. Hablemitoğlu suikastını kabul eden Göktaş da emrinde görev yapan eski askerler Ahmet Tarkan Mumcuoğlu, Fikret Emek ve Nuri Gökhan Bozkır'a talimat verdi. Bunun üzerine hareket geçen suikast timinden Bozkır, Hablemitoğlu'nun evinin bulunduğu sokakta hurdacı kılığında günlerce keşif yaptı. Daha sonra yurt dışında görevde bulunan Mumcuoğlu, Türkiye'ye gelerek, 18 Aralık 2022'de evine girmek üzere olan Hablemitoğlu'nu iki el ateş ederek öldürdü. Mumcuoğlu'nun tetiği çektiği sırada, suç örgütünün diğer üyesi eski Binbaşı Fikret Emek'in de olay yerinde olduğuna işaret edilen iddianamede şu tespit yapıldı: "Soruşturma sonucunda HTS irtibat trafikleri, şüpheli ifadeleri, tanık, müşteki beyanları ve dosya kapsamından, olay tarihinde Milli İstihbarat Teşkilatı Müsteşarı olmak isteyen Mustafa Levent Göktaş'ın, bu görev için kendisine engel olarak gördüğü maktul Necip Hablemitoğlu'nu, aynı zamanda FETÖ/PDY ile ilgili çalışmalarından rahatsız olan Mustafa Özcan ve Enver Altaylı'nın azmettirmesi neticesinde öldürme kararı aldığı, bu kararı Özel Kuvvetler Komutanlığı içinde kendisi ile birlikte hareket eden fakat legal alandan çıkan Ahmet Tarkan Mumucuoğlu, Fikret Emek ve Nuri Gökhan Bozkır ile birlikte eyleme döktü. Ahmet Tarkan Mumcuoğlu'nun, şüpheli Mustafa Levent Göktaş'ın, 17/11/2002 tarihinde Kazakistan görevine gönderildiği, eylemi gerçekleştirmek için verilen talimat üzere olay tarihinden önce ülkeye geldiği, maktul Necip Hablemitoğlu'nu ele geçirilemeyen 9 mm çaplı mermi atan tabanca ile başına iki el atış yapmak suretiyle öldürmüş olduğu anlaşılmıştır." - İstenen cezalar Ankara 36. Ağır Ceza Mahkemesince kabul edilen iddianamede, FETÖ elebaşı Gülen ile örgüt yöneticilerinden Özcan, Aydın Köstem ve Altaylı, Hablemitoğlu'nu tasarlayarak öldürmeye azmettirmekle suçlandı. Firari emekli Albay Levent Göktaş, Mumcuoğlu ve Emek'in Hablemitoğlu'nu "tasarlayarak öldürdükleri" belirtildi. Bu kapsamda, söz konusu sanıkların "ağırlaştırılmış müebbet hapis" cezasına çarptırılması talep edilen iddianamede, ayrıca Göktaş'ın "örgüt kurmak" suçundan 8 yıla, Mumcuoğlu ve Emek'in ise "suç örgütüne üyelik"ten 4 yıla kadar cezalandırılmaları istendi. Eski yüzbaşı Nuri Gökhan Bozkır ile FETÖ firarisi Serhat Ilıcak'ın da "tasarlayarak kasten öldürmeye yardım" suçundan 20 yıla kadar hapsi istenen iddianamede, Bozkır'ın "suç örgütüne üyelik"ten 4 yıla kadar daha hapisle cezalandırılması talep edildi. İddianamede, Mehmet Narin'in "suç örgütüne üye olmak"tan 4 yıla kadar hapis istenirken 9 kişi için takipsizlik kararı verildi.