TFF 1. Lig'de 2016-2017 sezonunu ikinci sırada tamamlayarak tarihinde ilk kez Süper Lig'e yükselen sarı-siyahlı ekip, önceki yıllarda yakaladığı başarılı grafiğin bu sezon çok uzağında kaldı. Malatya ekibi, Süper Lig'deki ilk yılı olan 2017-2018 sezonunu 43 puanla 10. sırada tamamladı. En iyi performansını 2018-2019'da sergileyen Malatya ekibi, 13 galibiyet, 8 beraberlik ve 13 mağlubiyet ile 47 puan topladığı sezonu 5'inci sırada tamamlayarak, Avrupa kupalarına katılım bileti almayı başardı. Yeni Malatyaspor, 2018-2019 sezonu UEFA Avrupa Ligi 3. eleme turunda eşleştiği Sırbistan temsilcisi Partizan'a karşı ilk maçta 3-1 kaybedip, ikinci maçı 1-0 kazanmasına karşın elenmekten kurtulamadı. Pandemi döneminde küme düşmekten kurtuldu Malatya ekibinde 2019-2020 sezonu kötü geçti. Sarı-siyahlılar, söz konusu dönemde 34 maçta sadece 32 puan toplayıp, sezonu küme düşme hattı içinde 16. sırada bitirdi. Türkiye Futbol Federasyonunun (TFF) yeni tip koronavirüs (Kovid-19) salgını nedeniyle küme düşmeyi kaldırmasıyla Yeni Malatyaspor, tekrar Süper Lig'de mücadele etme şansı buldu. 2020-2021 sezonunda da istediği performansı sergileyemeyen Yeni Malatyaspor, 45 puanla 15'inci sırada yer alarak kümede kalmayı başardı. Bu sezon beklentilerin çok altında kaldı Süper Lig'de beşinci sezonunu geçiren sarı-siyahlılar, bu dönem aldığı sonuçlarla taraftarlarını üzdü. Sezona büyük umutlarla başlayan, kadrosunun neredeyse tamamını yenileyen Malatya ekibi, istediği performansı sahaya yansıtamadı. İlk yarıyı 15 puanla tamamlayan Malatya ekibi, ikinci yarıda da kötü gidişatı durduramadı. Son maçında konuk ettiği GZT Giresunspor'a 1-0 yenilen Yeni Malatyaspor'un, bitime 6 hafta kala küme düşmesi kesinleşti. 5 sezonda 10 hoca Malatya ekibi, beş sezon geçirdiği Süper Lig'de 10 teknik adamla çalıştı. Süper Lig'deki ilk yılına Ertuğrul Sağlam ile başlayan sarı-siyahlılar, ardından Erol Bulut ile söz konusu sezonu kapattı. 2018-2019 sezonunda da Erol Bulut ile yola devam eden Malatya ekibi, 2019-2020 sezonunun ilk yarısında teknik direktör Sergen Yalçın idaresinde müsabakalara çıktı. Sergen Yalçın'ın ayrılması sonrası sezonun ikinci yarısında ilk olarak Kemal Özdeş'le anlaşan Malatya temsilcisinde, 5 maçta galibiyet alınamaması sonrası bu kez Hikmet Karaman göreve getirildi ve sezon bu şekilde tamamlandı. Bu sezonki 5. hoca görevde Bu sezon ilk olarak takımı Süper Lig'e taşıyan teknik direktör İrfan Buz'la yola çıkan Malatya ekibinde, ardından sırasıyla Marius Sumudica, Adem Büyük, Alaattin Gülerce ve Cihat Arslan görev aldı. Buz idaresinde oynadığı 8 maçta, 6 mağlubiyet yaşayıp, 2 galibiyet alan Malatyaspor, sonrasında Rumen teknik direktör Marius Sumudica ile el sıkıştı. Sumudica yönetiminde çıktığı ilk maçta Adana Demirspor'u deplasmanda 2-0 yenen sarı-siyahlılar, ardından Altay'ı 2-1 mağlup ederek iyi bir başlangıç yaptı. İlk 2 maçında Doğu Anadolu ekibine 6 puan kazandıran Sumudica, sonrasında düşüşe geçti. Sarı-siyahlı takımın başında yer aldığı 15 karşılaşmada 2 galibiyet, 4 beraberlik, 9 da mağlubiyet yaşayan Rumen teknik adam, Malatya macerasında sadece 10 puan toplayabildi. Ligin 24.haftasında deplasmanda 1-0 kaybedilen Fatih Karagümrük maçı sonrası Sumudica ile yollar ayrılırken, takım kaptanı olan Adem Büyük, futbol sorumlusu olarak göreve başladı. Sarı-siyahlılar, Büyük yönetiminde 3 maçta 3 mağlubiyet alınca, kendisiyle devam edilmedi. Ardından 27. haftada deplasmanda Hatayspor ile oynanan karşılaşmaya teknik direktör Alaattin Gülerce yönetiminde çıkan sarı siyahlılar, bu müsabakayı ise 5-2 kaybetti. Süper Lig'de 27. hafta sonunda 4 galibiyet, 5 beraberlik, 18'de mağlubiyet yaşayıp, 17 haftadır maç kazanamayan Yeni Malatyaspor'da bu kez takımın başına Cihat Arslan getirildi. 28. haftada sarı siyahlı takımın başına geçen 52 yaşındaki teknik adam, çıktığı ilk maçta Adana Demirspor'u 1-0 mağlup etti. Arslan, şu ana kadar Yeni Malatyaspor'un başında çıktığı 5 karşılaşmada 1 galibiyet, 4'te mağlubiyet yaşadı.